Сюда будут включаться ссылки только на более-менее активные форумы и сообщества.
Общенаучные:
http://www.scientific.ru/dforum/scilife/
Бытие российской науки (на сайте Scientific.ru)
http://www.researcher-at.ru/
Researcher@ - российская научная диаспора
http://community.livejournal.com/science_freaks/
Сообщество science_freaks ("Научная кунсткамера") в ЖЖ
(отлавливает и разоблачает агрессивных альтов)
http://community.livejournal.com/ru_nauka/
Сообщество ru_nauka в ЖЖ
Специализированные:
http://molbiol.ru/forums/index.php?showforum=21
Форум "Беседа" на Молбиол.ру
http://forum.neuroscience.ru/
Форум на Neuroscience.ru
http://community.livejournal.com/philologist_ru/
Сообщество филологов МГУ
http://community.livejournal.com/terra_linguarum
Terra Linguarum / The LJ Linguistic Society
"The LiveJournal Linguistic Society is a community devoted to linguistics and natural languages." (на русск. яз.)
http://www.friendsofthensu.org/
Friends of the Novosibirsk State University
в т.ч. сбор средств для поддержки студентов и сотрудников НГУ